במהלך המאות 5-6 נותרה ארמניה מחולקת בין האימפריה הרומית המזרחית (ביזנטיון) ופרס. בתקופה זו הצליחו הארמנים לשמר את עצמם ואת תרבותם בזכות אומץ לבם והתמדהם. תפקיד חשוב בכך מילא את יצירת הכתב הארמני בראשית המאה החמישית על ידי הכומר המדען הארמני מסרופ משטוטס.המערכת הפיאודלית חדרה לשני חלקי ארמניה המקוטעת, בהדרגה היא התפרקה לנסיכות רבות שבראשן עמדו אדונים פיאודלים גדולים, בסוף המאה השביעית כבר היו כחמישים מהם. המשפיעים ביותר מביניהם היו נסיכות המיקונידים, הבגראטידים, הארטסרינים. היחסים בין הווסילים התפתחו בדרכים שונות באזורים הביזנטיים והפרסיים של ארמניה.ארמניה המערבית נכנעה לשלטונו של קיסר הנוצרי ונכנעה לגל חדש של הלניזציה, במזרח גברה חוסר שביעות הרצון מהשלטון הפרסי. במאות 5-6 פרצו מספר מרידות עממיות. זו הייתה מחאה נגד ניסיונות למיגור הנצרות במדינה ובכך הגביר את הטמעתם של הארמנים על ידי הפרסים. הקרב המשמעותי ביותר התרחש ב- 26 במאי 451 במישור אבארייר, על גדות נהר תלמוט, יובלו הדרומי של הערקים (שטחה של איראן המודרנית), בו הונהגה הארמנים על ידי המנהיג ורדן ממיקוניאן. הקרב המפורסם באוורייר הופסד על ידי הארמנים, אולם לאחר שנתקלו בהתנגדות עיקשת, נאלצו הפרסים בסופו של דבר לנטוש את הפגיעות בדת וזהות העם הארמני. לאחר המרד הבא, שהתרחש בשנים 481–484 והובל על ידי ואהן, ארמניה קיבלה אוטונומיה משמעותית, ואהן ממיקוניאן מונה למרצפן.מאמצע המאה השישית החלה התרחבות הדרגתית של ארמניה הביזנטית על חשבון האיראנים. אולם בסופו של דבר שתי המעצמות, לאחר שאיבדו את כוחותיהן במאבק ממושך, הפכו לקורבנות של כוח פוליטי חדש – הח’ליפות הערבית. בשנים האחרונות של המאה השביעית נכבשה ארמניה על ידי הערבים. שנים של דיכוי החלו עבור הארמנים. במהלך דיכוי אחד ההתקוממויות הרבות נגד הכובשים, אחת ממשפחות הנחררים המפורסמות ביותר בארמניה – המאמיקוניאנים והקמרקנים – נהרסה כמעט לחלוטין.במחצית השנייה של המאה ה -9 החלה עלייתו של משפחת בגראטיד בארמניה. בשנת 859 השתלט נסיך משפחת בגראטיד, אשוט על ארמניה עם התואר אישחנאת אישחאן, כלומר נסיך הנסיכים. אשוט, איש בעל יכולת וביטחון, יצר צבא, חיזק את כוחו, ולאחריו כבר לא העז הח’ליפות לשלול ממנו את תואר המלך. זה קרה לאחר רבע מאה של שלטון ממשי, בשנת 885 זיהה אותו גם הקיסר הביזנטי וסילי הראשון. בעקבות הבגראטידים, נסיכות ארטסריד, נסיכי סוניק ואחרים השיגו עצמאות.היסטוריונים מתארים את שלטונו של אשוט הראשון כעידן של שגשוג עבור ארמניה. הנסיכות הארמנית השכנה המשיכה למצות זו את זו במלחמות פנימיות מתמדות. שלווה השוואתית שלטה ברכושם של הבגראטים, כנסיות, מנזרים, בתי חולים הוקמו, בשנת 961 הועברה הבירה מקארס לאני שהתעשתה והולכת וגדלה. הממלכה הבגראדית הגיעה למגדל הפאר והעוצמה שלה תחת גגיק הראשון (989–1020), כאשר בין היתר נוסדו בתי ספר ובתי חולים חדשים ובניית הקתדרלה באני הושלמה.מאמצע המאה ה -11 הממלכות והנסיכות הארמנית החלו לדעוך במהירות. זה הושפע בחלקו ממריבות פנימיות, בין השאר בגלל הסתערות ביזנטיון, שקיבלה חופש פעולה לאחר היחלשות הח’ליפות. הסתערותם של כובשים חדשים, הטורקים הסלג’וקיים, שהחלו את מסעותיהם נגד ארמניה במחצית השנייה של המאה ה -11. ארמניה שוב מצאה עצמה מחולקת בין המזרח המוסלמי למערב הנוצרי.ברבע האחרון של המאה ה -11 נהרסה המדינה על ידי מלחמות ופשיטות, ערים נהרסו והמסחר הופסק. הסלג’וקים התבססו במהרה במחוזות ארמניה הדרומית, משם נאלצה האוכלוסייה הארמנית להגר לביזנטיון. כך קמה ממלכה ארמנית חדשה – קיליקיה. היא שימרה את מסורות התרבות הארמנית על שפת הים התיכון, בהרי השור הקיליקני, ובמשך שלוש מאות שנים תמכה בממלכתיות הארמנית