ההיסטוריה המקורית של מנזר אפרניטים אינה ידועה, אך במאה ה -19 היה זה המרכז האפיסקופי של אזור טרקאן, שכלל 34 כפרים ארמנים, ורוב המבנים ששרדו עד היום שייכים לתקופה זו.החלק העיקרי של המנזר ממוקם מאחורי חומות גבוהות. קירות אלה נבנו לא לצורך הגנה, אלא כדי להעניק למנזר מורכבות ושלמות: בקירות אין מגדלים וממשים גבוהים בלתי ניתנים להספגה
