בפברואר 1988 פנתה מועצת נגורנו קארבך לסובייטים העליונים של ברית המועצות, אזרבייג’ן וארמניה בבקשה לתת אישור להעביר את קרבאך מאזרבייג’ן לארמניה. בתמיכה בארמניה, התקיימו הפגנות המוניות, אזרבייג’נים ערכו בתגובה פוגרומים כנגד הארמנים בעיר סומגייט בהכרה מוחלטת של הרשויות.ב- 13 ביוני 1988 באקו הרשמית סירבה לקבל את החלטת המועצה האזורית של נגורנו קארבך; יומיים לאחר מכן קיבל ירוואן החלטה הפוכה. ב- 12 ביולי 1988 קיבלו אנשי קרבאך החלטה להתנתק מאזרבייג’ן ולהתאחד עם ארמניה. באותו יום, המועצה העליונה של אזרבייג’ן הסובייטית הכירה בהחלטה זו כפסולה, אך עד אז נותקו את כל הקשרים הכלכליים והפוליטיים עם באקו.חודש לאחר ההפיכה באוגוסט 1991, ב- 21 בספטמבר, הצביע העם הארמני לעצמאות מברית המועצות. העצמאות של הרפובליקה נגורנו-קרבאך הוכרזה קודם לכן – ב -2 בספטמבר. רק כוח צבאי יכל להחזיר את קרבאך לאזרבייג’ן. צבא של נגורנו קארבך הצליח לא רק לכבוש מחדש את מרבית שטחו, אלא גם לכבוש ולשלוט באזורי הגבול באזרבייג’ן. ב- 12 במאי 1994 נחתם הסכם הפסקת אש. ארמניה הייתה אז במצב קטסטרופלי: רעידת האדמה ההרסנית של דצמבר 1988 גרמה נזק חמור בכל תחומי המשק; המצור האזרביג’אני משנת 1989 שיתק את המדינה. לאחר ששרד את שנות החסימה וההרס, ארמניה החלה להתאושש בהדרגה.באוקטובר 1991 בחרו אזרחי ארמניה את לבון טר-פטרוסיאן כנשיא הראשון שלהם. לאחר ניצחון ארמניה במלחמת קרבאך, אזרבייג’ן וטורקיה סגרו את גבולותיה עם ארמניה ובכך הקימו חסימה שנמשכת עד היום. לאירועים אלה הייתה השפעה שלילית על כלכלת הרפובליקה הצעירה וחסמו את דרכי התקשורת העיקריות שלה עם אירופה. בפברואר 1998 נאלץ לבון טר-פטרוסיאן להתפטר.בשנת 1998 עלה רוברט קוצ’ריאן לשלטון. ב- 27 באוקטובר 1999 התרחשה פעולת טרור בפרלמנט הארמני, שגבה את חייהם של ראש הממשלה, יו”ר הפרלמנט ועוד 5 אנשים. באפריל 2008 קיבל סרז ‘סרגסיאן את כהונתו